SMP Stella Matutina Salatiga didirikan pada tanggal 1 Juli 1953 oleh para Suster.  Sebelumnya bernama SMP Kanisius. Sejak berdirinya, sekolah ini dikelola oleh Suster –Suster OSF, namun secara administrasi masih bergabung menjadi satu dengan SMP Pangudi Luhur yang terletak di Jl Diponegoro no.90 Salatiga. Sehingga saat itu juga sering disebut SMP Pangudi Luhur Putri .

Tanggal 1 Maret 1981 secara resmi telah berdiri sendiri dan memisahkan diri dari SMP Pangudi Luhur.

Tanggal 31 Desember 1985, pada saat pelaksanaan Akreditasi sekolah, SMP Stella Matutina diberikan status “DIAKUI “. Pada Akreditasi berikutnya yaitu tanggal 31 Desember 1990, status sekolah meningkat menjadi ‘DISAMAKAN’ dan TERAKREDITASI A.

Seiring dengan kemajuan bidang pendidikan ,maka kehadiran sekolah-sekolah swasta  sangat dibutuhkan oleh Pemerintah sebagai mitra. Untuk itulah SMP Stella Matutina berusaha mengembangkan sayapnya guna mencukupi animo masyarakat yang akan menyekolahkan putra – putrinya di SMP Stella Matutina ini, dengan menambah jumlah ruang kelas, yang saat itu hanya ada 6 kelas , menjadi 9 kelas pada tahun 1973, dan yang sebelumnya hanya menerima siswa putri, akhirnya menerima siswa putra juga. 

Dalam menghadapi kemajuan IpTek, SMP Stella Matutina mulai berbenah diri dalam segala bidang, antara lain meningkatkan sarana dan prasarana pembelajaran, pelatihan SDM guru secara mandiri online yang mengikuti perkembangan kurikulum saat ini.